同一个音乐文件而言，WAV、FLAC、APE三种音乐格式的音质是完全一样的。
    意思是说，从CD碟上抓轨出来后，得到的WAV和APE、FLAC音质完全相同，实际上是不同形式的同一个文件。但与CD碟是否完全一样，除了抓轨操作问题，基本上都是电脑设备技术所限。（你不能要求电脑器材技术同灌制唱片的专业器材一致，电脑只是个均衡性技术器材组合体。）
    所以，从收藏角度来说，三种格式可以，一样。但播放效果上，上万元的专业设备和神经质般的金耳朵是能听出些许差别来的，这主要是因为不同格式间因编码不同导致解码速度不同所致；如果转换为同一种格式，正常听是没有区别的。
    
那么，APE、FLAC、WAV三种格式区别在哪里呢？（这些区别并不是说音乐文件本身品质有优劣）
    1、编码不同，导致解码速度WAV〉FLAC〉APE，直接影响到播放听感流畅性上：WAV〉FLAC〉APE
      WAV波形文件是音响设备和很多软件可以直接读取的波形文件，基本上不存在编解码问题。flac和ape都对WAV进行了编码，故能换取较小的体积，但同时造成解码播放时，因播放器材解析力很敏感（或者说技术所限），会因出现一定的jitter抖动（解析复杂编码所致）而导致播放效果不够饱满和流畅。这点你可以通过统一转换为WAV格式来试听解决。
   2、编码不同，导致所占空间大小APE〉FLAC〉WAV。
     由于flac和ape都对WAV进行了更高技术的编码，所以换取了较小的体积，这也是这两种格式之所以出现的根本原因。由于二者都是无损压缩，如果你是为了收藏，同时你的空间比较吃紧，无疑收藏较小体积的APE是最佳选择。至于以后会不会出现更小体积的无损压缩格式，但目前来说，APE 是最优选择。
    3、编码不同，解码速度不一，导致占用CPU和耗电量不同。
        编码越复杂，解码越麻烦，自然占用内存率越高，耗电量自然越大。那些伤不起的播放机们感触最深，同样的电量，三种格式播放时长依次为由长到短：WAV〉FLAC〉APE，所以，如果你的P5播放机比较脆弱，自然选择WAV可以享受更长时间的音乐。
     4、开源性不同，导致纠错效果不同。
        这一点各取所需吧！很多flac粉们对APE的防纠错和容错性大为诟病，指责其一报错就无法继续播放，等于整轨作废，同时嫌技术不开放（难道你自己要编程？搞不懂这个意见也这么大）。而flac用静音处理方式他们就认为很好。
    个人认为，如果播放的话，因为一个错误就整轨不能播放，等于白下载，的确很烦人，而flac静音处理得以继续播放下面的曲目，的确人性；但从收藏的角度而言，静音处理错误是不是有点瞒天过海、自欺欺人？发烧者和收藏癖们对人耳觉察不到的细微差别都耿耿于怀，怎么会放过这么大的差错？反正，如果有错误音轨，我是肯定不要收藏的，而APE，正好给我了检验好坏质量的途径。
    5、开源性不同，导致支持软件多寡不均。
           编码软件的支持上，大家都说支持flac的软件比ape多。这点没问题。但并不等于支持Ape格式的播放软件就少。实际上，现在已经有很多软件支持ape了。而且，支持flac的软件虽然多，也有很多不支持flac的，但wav就不一样了，还没有不支持WAV格式的播放器呢！这样说来，是不是也要把flac淘汰掉？！其实，听的时候就那么几首歌，转一下格式能够让你的播放器支持不就好啦。
  
    从收藏角度讲，APE、FLAC、WAV三种格式一样，文件音质相同；从播放来讲，格式不同，专业设备下，效果可能会有人耳察觉不同的区别（楼主没感觉出来）。

扩展知识
无损音乐音质也分“三六九等”
       同一个文件的各个无损格式是一样的音质，如果不是同一个文件，即使是同一首歌，音质也分三六九等。举个例子，彭丽媛的曲目《在希望的田野上》 ，收录于《非同凡响》、《沂蒙山小调》、《演唱中国民歌》、《珠穆朗玛》等多个音乐专辑，这些专辑分别由不同的唱片公司于不同的时间出版，音质就会参差不齐。同时，由于时代不同，技术上受历史局限。也会导致音质有别。
为什么无损音乐和CD比较，听觉上会有细微差别？
      无损音乐与CD碟片数据信息完全一样，那为什么音效不一样呢？嗯，这里我用的“音效”这个词非常好。CD碟和原声一样吗？肯定不一样。主要是技术上根本做不到完全还原原声。而且，为了音乐效果，一般还会加进各种特效。CD播放机和电脑，更是两个功用完全不同的设备。音效当然不可能一致。
    其实，就算CD播放机，也不可能找到两台播放效果完全一样的。有句话，大意是世界上不可能找到两把相同的二胡，也是这个意思。
假无损是怎么回事？
      到这里，我就给大家提炼出一个观点：【“无损音乐”不等于“无损音质”】
   除了碟片录制设备技术问题（早期碟片音质都不好；不同唱片公司录制技术层次不同；国内碟相对国外顶级技术也不好），也有假无损，即不是由正版CD碟片抓轨得到，而是通过盗版碟片抓轨、磁带（卡带）翻录甚至是有损音乐（MP3等）转换而得到。这些APE、FLAC、WAV等格式的所谓的“无损音乐”，其音质就很差很差。
   除了第一个原因我们无奈选择外，其他的发烧友都应该剔除。对于磁带翻录，如果是稀有资源，建议大家保留，因为如果找不到无损，有总比无好。
我的音乐听起来音质不好，是无损吗？
      前面说了，【“无损音乐”不等于“无损音质”】，无损音乐严格来说，是指wav波形文件从音乐CD碟片的无损数字记录和APE、FLAC、WavPack、WMALossless等则是对WAV波形文件进行无损压缩。wav是无损音乐文件，APE、FLAC等则是无损压缩音乐文件。绝对意义上讲，他们都不能完全替代CD碟。WAV波形文件在媒体播放器里直接播放，而APE等其他压缩格式则需要经过解压（解码）还原成WAV再进行播放。
     如果你的无损音乐听感比较差，这你就要注意了：
    ⒈ 是真无损，多见于早期碟片。由于上世纪CD碟片刚起步，技术水平有限，故灌制效果相对今天的碟片来说欠佳。此外，即使今天，不同唱片公司出品的碟片，音质也有差别。在没有替代品的情况下，建议保留。
    ⒉ 是真无损，音质不好可能由抓轨操作失误造成“爆音”等数据信息残缺，建议更换。
    ⒊ 显示真无损，音质极差。这多由磁带/卡带转录而来。早期歌手只有磁带作品留世，虽然音质不好，但是唯一的纪念品。将其转录为数据，是为了更好地保存。在没有替代品的情况下，建议保留。
    ⒋ 假无损。即由有损格式MP3、WMA、OGG等格式转换而来，有些凭耳听，甚至难与真无损辨别，只有软件能检测出。有损转无损，丢失的信息不会转回来。虽然体积增大了，音质还是有损的音质。
如何鉴别无损音乐？
       如何鉴别？主要是一靠听、二靠看、三靠软件检测。
    注意软件检测也会出错，只是作为参考。毕竟，音乐最主要的用途是欣赏，而不是科学精密研究。建议大家首先听。比如磁带转录的，一般一听就听出来。但软件检测未必检测出。这是因为软件作用只是检测哪些是由有损低劣的音乐转换成的伪劣假冒无损。
    【一听】
    听第一感觉，如果音质不好，甚至有爆音，即使是真无损，也是音质较差的低劣无损。
    【二看】看占用空间大小和播放码率
    看占用空间大小，一定要在相同格式的前提下，否则用APE和FLAC比较，是无意义的。一般，两个时长、内容一致的同名文件，占用空间越大者原则上包含信息越丰富、音质越好；看播放码率。
   【三检测】用无损检验软件检测，和看频谱。